Проверяете, есть ли в элементе подразделенияорганизаций родитель.
Если есть, то ищем по этому же коду это подразделение в справочнике подразделения.
Если нашли - то это реквизит родитель для нового элемента справочника подразделения.
Если нет - то создаем новый с нужным кодом, и его присваиваем как родитель.