У меня была такая ошибка. Я поступил бы так. В начале дня, пока ещё не было продаж, заходим во Frontol, в Настройки, переходим в Справочники-Товары, очищаем всё. То есть удаляем.
Затем в 1С, в обработке Загрузка файлов ККМ Offline, Заходим в Редактировать список выгрузки, там заполняем всё по номенклатуре и только имеющиеся в наличии. Потом жмём кнопку Заполнить, предварительно выбрал склад и кассу для заполнения, заполняем, загружаем на кассу.
После этого всё должно быть нормально. Я сейчас говорю про Управление торговлей 10.3.
Как в 11 версии(если у вас 11) я не знаю. Делайте по аналогу.